Мухи, в том числе некоторые листовые минирующие мушки и галлицы, - распространенные садовые  вредители, хотя в этой группе встречаются и полезные насекомые. Взрослые мухи вредят незначительно или вообще не нанося вреда, вредит личиночная стадия  развития мух. Личинки мух поражают  все части растений: семена, плоды, корни, стебли и листья, они могут нанести серьезный урон всему растению. Питаясь тканями растений, умножают наносимый растениям  ущерб, так как на поврежденных участках происходит развитие вторичных грибных гнилей, которые  продолжают развиваться, тогда когда личинки уже закончили питаться и покинули растение.

Определенные вредители могут поражать декоративные растения, овощные культуры, газонные  травы, фруктовые деревья и кустарники. В результате жизнедеятельности мух-вредителей таких, как  красно-древовая галлица, образуются деформированные  галлообразные выросты. Многие листовые минирующие мушки откладывают яйца на листьях  растений или в почву рядом с растением, чтобы личинки могли добраться до листьев  растения вскоре после появления на свет. Другие мухи, такие как фитомиза, откладывают яйца (до 100 штук в одной кладке) внутрь листьев растения.  Два наиболее распространенных садовых вредителя из этой группы поражают овощные культуры:  корневая капустная муха и морковная муха. Эти личинки,  питаясь на корнях соответственно капусты и моркови, а также некоторых других растений,  могут в течение нескольких дней после появления уничтожить целые гряды молодых растений.